În Yaiba: Ninja Gaiden Z, jucatorii vor intra în pielea lui Yaiba,un ninja cyborg care va face orice îi sta în putinta pentru a se razbuna si pentru a ramâne în viata, si se vor lupta cu hoarde zombie.

Dupa ce a fost taiat în doua, Yaiba a fost readus la viata prin intermediul cyber-tehnologiei

Sabia ninja si armele de care dispune au fost implementate în mâna cyborg

Cu ajutorul acestora, Yaiba îi va macelari pe inamicii care îi ies în cale