In Yakuza 6, Kazuma Kiryu va afla cati oameni sunt dispusi sa se sacrifice pentru familie – fie o legatura de sange, fie una de obligatie – atunci cand investigheaza o serie de evenimente obscure in care sunt implicati cei pe care ii are cel mai aproape de suflet.

Eliberat de curand dupa ce a ispasit o condamnare la inchisoare de trei ani, Kiryu, acum mai in varsta si afectat de trecerea timpului, afla ca Haruka, fiica sa surogat, a disparut din orfelinat.

Indiciile il poarta pe acesta in Kamurocho, locul in care Kiryu obisnuia sa-si duca veacul, unde descopera ca fiica lui a fost lovita de o masina iar acum este in coma.

Ca si cum nu ar fi de ajuns, Kiryu afla ca Haruka are un fiu de care el va trebui sa aiba grija.

Kiryu calatoreste in Onomichi, orasul aflat pe malul marii, pentru a descoperi adevarul despre Haruka, fiul acesteia si un secret sinistru pe care yakuza din Hiroshima il tin ascuns de multa vreme.