Jucatorul controleaza un cosmonaut numit Capitanul Olimar care a naufragiat pe o planeta neobisnuita.

Scopul jocului este sa-l ajuti pe Capitan sa stranga partile pierdute ale navei sale care au fost imprastiate pe intreaga planeta.

Din fericire pentru Capitanul Olimar, planeta este locuita de niste creaturi mici si ciudate, numite pikmini.

Un fel de plante, acestia sunt de trei feluri: rosii (care rezista la foc), albastrii (care supravietuiesc sub apa) si galbeni (care pot distruge obstacole prin plasarea de bombe).

Jucatorii pot controla pikmin-ii, individual, in grupuri ori un pikmin mare firmat din 100 de creaturi.

Capitanul Olimar este controlat acum cu ajutorul nunchak-ului analog in timp ce cursorul este miscat cu aratatorul controller-ului Wii remote.

Scopul jucatorului este sa foloseasca pikmin-ii pentru a localiza cele 30 de piese ale navei (Dolphin) si a le aduce inapoi ca Olimar sa se poata intoarce acasa.

Totul insa trebuie facut in 30 de zile (corespondente timpului din joc). Succes!